data_EIT
#

_chem_comp.id                                   EIT
_chem_comp.name                                 "((3R,4R,5R)-4-(2-(1H-IMIDAZOL-1-YL)ETHOXY)-3-HYDROXY-5-(5-METHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE"
_chem_comp.type                                 "RNA LINKING"
_chem_comp.pdbx_type                            ATOMN
_chem_comp.formula                              "C15 H21 N4 O9 P"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              DT
_chem_comp.pdbx_synonyms                        "2'-O-[1-ETHYL-1H-IMIDAZOL)] THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE"
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2004-12-16
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2021-03-01
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       432.322
_chem_comp.one_letter_code                      T
_chem_comp.three_letter_code                    EIT
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  Y
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       1Y84
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
EIT  P       P       P  0  1  N  N  N  10.270   4.405  4.236   2.787   0.324  -4.407  P       EIT   1  
EIT  OP3     O3P     O  0  1  N  Y  N  11.415   4.961  3.451   1.198   0.588  -4.548  OP3     EIT   2  
EIT  OP2     O2P     O  0  1  N  N  N  10.531   3.642  5.428   2.921  -1.270  -4.647  OP2     EIT   3  
EIT  "O5'"   O5*     O  0  1  N  N  N   9.292   5.609  4.627   3.063   0.476  -2.819  "O5'"   EIT   4  
EIT  "C5'"   C5*     C  0  1  N  N  N   8.882   6.571  3.639   2.282  -0.292  -1.921  "C5'"   EIT   5  
EIT  "C4'"   C4*     C  0  1  N  N  R   7.838   7.503  4.209   2.725   0.023  -0.498  "C4'"   EIT   6  
EIT  "O4'"   O4*     O  0  1  N  N  N   6.642   6.762  4.507   2.470   1.422  -0.246  "O4'"   EIT   7  
EIT  "C1'"   C1*     C  0  1  N  N  R   5.986   7.339  5.624   1.373   1.543   0.675  "C1'"   EIT   8  
EIT  N1      N1      N  0  1  N  N  N   5.943   6.355  6.734   0.452   2.524   0.177  N1      EIT   9  
EIT  C6      C6      C  0  1  N  N  N   6.845   5.307  6.823   0.309   2.663  -1.199  C6      EIT  10  
EIT  C2      C2      C  0  1  N  N  N   4.960   6.539  7.696  -0.300   3.336   1.055  C2      EIT  11  
EIT  O2      O2      O  0  1  N  N  N   4.153   7.455  7.656  -0.225   3.269   2.283  O2      EIT  12  
EIT  N3      N3      N  0  1  N  N  N   4.967   5.620  8.707  -1.159   4.248   0.431  N3      EIT  13  
EIT  C4      C4      C  0  1  N  N  N   5.843   4.560  8.859  -1.338   4.427  -0.932  C4      EIT  14  
EIT  O4      O4      O  0  1  N  N  N   5.737   3.823  9.814  -2.112   5.251  -1.413  O4      EIT  15  
EIT  C5      C5      C  0  1  N  N  N   6.841   4.423  7.828  -0.514   3.537  -1.792  C5      EIT  16  
EIT  C5M     C5M     C  0  1  N  N  N   7.828   3.301  7.935  -0.651   3.669  -3.275  C5M     EIT  17  
EIT  "C2'"   C2*     C  0  1  N  N  R   6.783   8.571  6.034   0.748   0.163   0.786  "C2'"   EIT  18  
EIT  "O2'"   O2*     O  0  1  N  N  N   6.297   9.642  5.228   0.137  -0.058   2.041  "O2'"   EIT  19  
EIT  "CB'"   "CB'"   C  0  1  N  N  N   4.991  10.173  5.442  -0.332  -1.396   2.174  "CB'"   EIT  20  
EIT  "CC'"   "CC'"   C  0  1  N  N  N   4.981  11.589  4.846  -0.968  -1.583   3.544  "CC'"   EIT  21  
EIT  "ND'"   "ND'"   N  0  1  Y  N  N   6.224  12.386  4.814  -2.127  -0.716   3.746  "ND'"   EIT  22  
EIT  "CE'"   "CE'"   C  0  1  Y  N  N   7.292  12.172  4.004  -3.410  -1.030   3.443  "CE'"   EIT  23  
EIT  "NF'"   "NF'"   N  0  1  Y  N  N   8.240  13.051  4.279  -4.224  -0.042   3.742  "NF'"   EIT  24  
EIT  "CG'"   "CG'"   C  0  1  Y  N  N   7.730  13.820  5.285  -3.411   0.937   4.256  "CG'"   EIT  25  
EIT  "CH'"   "CH'"   C  0  1  Y  N  N   6.459  13.446  5.659  -2.096   0.535   4.267  "CH'"   EIT  26  
EIT  "C3'"   C3*     C  0  1  N  N  R   8.159   8.175  5.539   1.940  -0.742   0.560  "C3'"   EIT  27  
EIT  "O3'"   O3*     O  0  1  N  N  N   9.030   9.274  5.446   2.742  -0.809   1.739  "O3'"   EIT  28  
EIT  OP1     O1P     O  0  1  N  N  N       ?       ?      ?   3.659   1.172  -5.286  OP1     EIT  29  
EIT  HOP3    3HOP    H  0  0  N  N  N  11.243   5.465  2.664   0.799   0.616  -5.443  HOP3    EIT  30  
EIT  HOP2    2HOP    H  0  0  N  N  N   9.804   3.289  5.927   2.886  -1.617  -5.563  HOP2    EIT  31  
EIT  "H5'"   1H5*    H  0  1  N  N  N   8.531   6.079  2.702   1.229  -0.035  -2.051  "H5'"   EIT  32  
EIT  "H5''"  2H5*    H  0  0  N  N  N   9.751   7.129  3.218   2.428  -1.352  -2.133  "H5''"  EIT  33  
EIT  "H4'"   H4*     H  0  1  N  N  N   7.759   8.283  3.416   3.804  -0.139  -0.410  "H4'"   EIT  34  
EIT  "H1'"   H1*     H  0  1  N  N  N   4.938   7.625  5.373   1.754   1.910   1.633  "H1'"   EIT  35  
EIT  H6      H6      H  0  1  N  N  N   7.614   5.168  6.045   0.928   1.995  -1.790  H6      EIT  36  
EIT  HN3     HN3     H  0  1  N  N  N   4.246   5.737  9.419  -1.709   4.843   1.045  HN3     EIT  37  
EIT  H71     1H5M    H  0  1  N  N  N   8.848   3.750  7.890  -1.057   2.748  -3.690  H71     EIT  38  
EIT  H72     2H5M    H  0  1  N  N  N   7.825   2.565  8.772   0.324   3.866  -3.719  H72     EIT  39  
EIT  H73     3H5M    H  0  1  N  N  N   7.779   2.723  6.983  -1.320   4.497  -3.510  H73     EIT  40  
EIT  "H2'"   H2*     H  0  1  N  N  N   6.742   8.866  7.109  -0.000   0.004  -0.000  "H2'"   EIT  41  
EIT  "HB'1"  "1HB'"  H  0  0  N  N  N   4.676  10.145  6.511   0.529  -2.064   2.070  "HB'1"  EIT  42  
EIT  "HB'2"  "2HB'"  H  0  0  N  N  N   4.181   9.522  5.039  -1.039  -1.602   1.364  "HB'2"  EIT  43  
EIT  "HC'1"  "1HC'"  H  0  0  N  N  N   4.194  12.184  5.365  -0.251  -1.368   4.346  "HC'1"  EIT  44  
EIT  "HC'2"  "2HC'"  H  0  0  N  N  N   4.572  11.533  3.810  -1.313  -2.615   3.669  "HC'2"  EIT  45  
EIT  "HE'"   "HE'"   H  0  1  N  N  N   7.378  11.392  3.229  -3.700  -1.979   3.011  "HE'"   EIT  46  
EIT  "HG'"   "HG'"   H  0  1  N  N  N   8.285  14.654  5.746  -3.814   1.881   4.592  "HG'"   EIT  47  
EIT  "HH'"   "HH'"   H  0  1  N  N  N   5.803  13.881  6.431  -1.186   1.020   4.591  "HH'"   EIT  48  
EIT  "H3'"   H3*     H  0  1  N  N  N   8.719   7.499  6.226   1.675  -1.764   0.277  "H3'"   EIT  49  
EIT  "HO3'"  H3T     H  0  0  N  Y  N   9.230   9.693  6.275   3.447  -0.153   1.628  "HO3'"  EIT  50  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
EIT  P      OP3     SING  N  N   1  
EIT  P      OP2     SING  N  N   2  
EIT  P      "O5'"   SING  N  N   3  
EIT  P      OP1     DOUB  N  N   4  
EIT  OP3    HOP3    SING  N  N   5  
EIT  OP2    HOP2    SING  N  N   6  
EIT  "O5'"  "C5'"   SING  N  N   7  
EIT  "C5'"  "C4'"   SING  N  N   8  
EIT  "C5'"  "H5'"   SING  N  N   9  
EIT  "C5'"  "H5''"  SING  N  N  10  
EIT  "C4'"  "O4'"   SING  N  N  11  
EIT  "C4'"  "C3'"   SING  N  N  12  
EIT  "C4'"  "H4'"   SING  N  N  13  
EIT  "O4'"  "C1'"   SING  N  N  14  
EIT  "C1'"  N1      SING  N  N  15  
EIT  "C1'"  "C2'"   SING  N  N  16  
EIT  "C1'"  "H1'"   SING  N  N  17  
EIT  N1     C6      SING  N  N  18  
EIT  N1     C2      SING  N  N  19  
EIT  C6     C5      DOUB  N  N  20  
EIT  C6     H6      SING  N  N  21  
EIT  C2     O2      DOUB  N  N  22  
EIT  C2     N3      SING  N  N  23  
EIT  N3     C4      SING  N  N  24  
EIT  N3     HN3     SING  N  N  25  
EIT  C4     O4      DOUB  N  N  26  
EIT  C4     C5      SING  N  N  27  
EIT  C5     C5M     SING  N  N  28  
EIT  C5M    H71     SING  N  N  29  
EIT  C5M    H72     SING  N  N  30  
EIT  C5M    H73     SING  N  N  31  
EIT  "C2'"  "O2'"   SING  N  N  32  
EIT  "C2'"  "C3'"   SING  N  N  33  
EIT  "C2'"  "H2'"   SING  N  N  34  
EIT  "O2'"  "CB'"   SING  N  N  35  
EIT  "CB'"  "CC'"   SING  N  N  36  
EIT  "CB'"  "HB'1"  SING  N  N  37  
EIT  "CB'"  "HB'2"  SING  N  N  38  
EIT  "CC'"  "ND'"   SING  N  N  39  
EIT  "CC'"  "HC'1"  SING  N  N  40  
EIT  "CC'"  "HC'2"  SING  N  N  41  
EIT  "ND'"  "CE'"   SING  Y  N  42  
EIT  "ND'"  "CH'"   SING  Y  N  43  
EIT  "CE'"  "NF'"   DOUB  Y  N  44  
EIT  "CE'"  "HE'"   SING  N  N  45  
EIT  "NF'"  "CG'"   SING  Y  N  46  
EIT  "CG'"  "CH'"   DOUB  Y  N  47  
EIT  "CG'"  "HG'"   SING  N  N  48  
EIT  "CH'"  "HH'"   SING  N  N  49  
EIT  "C3'"  "O3'"   SING  N  N  50  
EIT  "C3'"  "H3'"   SING  N  N  51  
EIT  "O3'"  "HO3'"  SING  N  N  52  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
EIT  SMILES            ACDLabs               10.04  "O=C1NC(=O)N(C=C1C)C3OC(C(O)C3OCCn2ccnc2)COP(=O)(O)O"  
EIT  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.341  "CC1=CN([C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]2OCCn3ccnc3)C(=O)NC1=O"  
EIT  SMILES            CACTVS                3.341  "CC1=CN([CH]2O[CH](CO[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]2OCCn3ccnc3)C(=O)NC1=O"  
EIT  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)O)O)OCCn3ccnc3"  
EIT  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)O)O)OCCn3ccnc3"  
EIT  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C15H21N4O9P/c1-9-6-19(15(22)17-13(9)21)14-12(26-5-4-18-3-2-16-8-18)11(20)10(28-14)7-27-29(23,24)25/h2-3,6,8,10-12,14,20H,4-5,7H2,1H3,(H,17,21,22)(H2,23,24,25)/t10-,11-,12-,14-/m1/s1"  
EIT  InChIKey          InChI                 1.03   WIDKIMZIZVKQGR-HKUMRIAESA-N  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
EIT  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               10.04  "2'-O-[2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5-methyluridine 5'-(dihydrogen phosphate)"  
EIT  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-(2-imidazol-1-ylethoxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
EIT  "Create component"     2004-12-16  RCSB  
EIT  "Modify linking type"  2011-06-04  RCSB  
EIT  "Modify descriptor"    2011-06-04  RCSB  
EIT  "Modify synonyms"      2021-03-01  PDBE  
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal     1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id     EIT
_pdbx_chem_comp_synonyms.name        "2'-O-[1-ETHYL-1H-IMIDAZOL)] THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance  ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type        ?
##
