data_2MXJ

_entry.id  2MXJ
#
_entity.id                        1
_entity.type                      polymer
_entity.src_method                syn
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#
_struct_asym.id                           A
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_struct_asym.pdbx_modified                N
_struct_asym.entity_id                    1
_struct_asym.details                      ?
#
loop_
_pdbx_vrpt_database.id
_pdbx_vrpt_database.code
_pdbx_vrpt_database.extended_code
PDB   2MXJ   pdb_00002mxj  
BMRB  25414  ?             
#
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_pdbx_vrpt_exptl.method   nmr
#
_pdbx_vrpt_summary.entry_id                    2MXJ
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_pdbx_vrpt_summary.PDB_revision_date           2024-05-01
_pdbx_vrpt_summary.RNA_suiteness               0.67
_pdbx_vrpt_summary.report_creation_date        2026-03-05:21:03
_pdbx_vrpt_summary.attempted_validation_steps  molprobity,validation-pack,coreclust,chemicalshiftanalysis,validation_schema,percentiles,writepdf,writexml,writecif
_pdbx_vrpt_summary.ligands_for_buster_report   N
#
_pdbx_vrpt_entity.id           1
_pdbx_vrpt_entity.type         polymer
_pdbx_vrpt_entity.description  RNA_(11-MER)
#
_pdbx_vrpt_asym.label_asym_id  A
_pdbx_vrpt_asym.entity_id      1
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_list.id
_pdbx_vrpt_percentile_list.range
_pdbx_vrpt_percentile_list.exp_method
1  all  pdb    
2  nmr  x-ray  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_type.id
_pdbx_vrpt_percentile_type.type
1  all_atom_clashscore   
2  RNAsuiteness_percent  
#
loop_
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.percentile_list_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.type_id
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.rank
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.number_entries_total
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_high
_pdbx_vrpt_percentile_conditions.res_low
1  1  1   99.97  229148  ?     ?     
2  2  1  100.00   14424  ?     ?     
3  1  2   88.57    8273  ?     ?     
4  2  2   89.19     777  ?     ?     
#
loop_
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.ordinal
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.entity_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.label_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.angles_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_bonds_RMSZ
_pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.num_angles_RMSZ
 1   1  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
 2   2  1  A  A  1.00  0.81  265  412  
 3   3  1  A  A  1.01  0.82  265  412  
 4   4  1  A  A  1.02  0.82  265  412  
 5   5  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
 6   6  1  A  A  1.01  0.82  265  412  
 7   7  1  A  A  1.00  0.81  265  412  
 8   8  1  A  A  1.01  0.83  265  412  
 9   9  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
10  10  1  A  A  1.01  0.82  265  412  
11  11  1  A  A  0.99  0.82  265  412  
12  12  1  A  A  1.03  0.83  265  412  
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14  14  1  A  A  1.05  0.81  265  412  
15  15  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
16  16  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
17  17  1  A  A  1.03  0.81  265  412  
18  18  1  A  A  1.01  0.82  265  412  
19  19  1  A  A  0.99  0.81  265  412  
20  20  1  A  A  1.01  0.81  265  412  
#
_pdbx_vrpt_summary_geometry.ordinal                 1
_pdbx_vrpt_summary_geometry.clashscore_full_length  0.00
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_H_reduce            2460
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_bonds_RMSZ          5300
_pdbx_vrpt_summary_geometry.bonds_RMSZ              0.81
_pdbx_vrpt_summary_geometry.num_angles_RMSZ         8240
_pdbx_vrpt_summary_geometry.angles_RMSZ             1.01
#
_pdbx_vrpt_summary_nmr.exp_method                               nmr
_pdbx_vrpt_summary_nmr.ordinal                                  1
_pdbx_vrpt_summary_nmr.chemical_shift_completeness              45.75
_pdbx_vrpt_summary_nmr.chemical_shift_completeness_full_length  45.75
#
loop_
_pdbx_vrpt_model_instance.id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_model_num
_pdbx_vrpt_model_instance.entity_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_comp_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_asym_id
_pdbx_vrpt_model_instance.auth_seq_id
_pdbx_vrpt_model_instance.label_alt_id
_pdbx_vrpt_model_instance.PDB_ins_code
_pdbx_vrpt_model_instance.count_plane_outliers
  1   1  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
  2   1  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
  3   1  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
  4   1  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
  5   1  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
  6   1  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
  7   1  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
  8   1  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
  9   1  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 10   1  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 11   1  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 12   2  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 13   2  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 14   2  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 15   2  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 16   2  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 17   2  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 18   2  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 19   2  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 20   2  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 21   2  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 22   2  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 23   3  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 24   3  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 25   3  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 26   3  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 27   3  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 28   3  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 29   3  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 30   3  1  A   8  C  A  23  .  ?        1  
 31   3  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 32   3  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 33   3  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 34   4  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 35   4  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 36   4  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 37   4  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 38   4  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 39   4  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 40   4  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 41   4  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 42   4  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 43   4  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 44   4  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 45   5  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 46   5  1  A   2  C  A  17  .  ?        1  
 47   5  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 48   5  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 49   5  1  A   5  A  A  20  .  ?        1  
 50   5  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 51   5  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 52   5  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 53   5  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 54   5  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 55   5  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 56   6  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 57   6  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 58   6  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 59   6  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 60   6  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 61   6  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 62   6  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 63   6  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 64   6  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 65   6  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 66   6  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 67   7  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 68   7  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 69   7  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 70   7  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 71   7  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 72   7  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 73   7  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 74   7  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 75   7  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 76   7  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 77   7  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 78   8  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 79   8  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 80   8  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 81   8  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 82   8  1  A   5  A  A  20  .  ?        1  
 83   8  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 84   8  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 85   8  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 86   8  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 87   8  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 88   8  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
 89   9  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
 90   9  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
 91   9  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
 92   9  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
 93   9  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
 94   9  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
 95   9  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
 96   9  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
 97   9  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
 98   9  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
 99   9  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
100  10  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
101  10  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
102  10  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
103  10  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
104  10  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
105  10  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
106  10  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
107  10  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
108  10  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
109  10  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
110  10  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
111  11  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
112  11  1  A   2  C  A  17  .  ?        ?  
113  11  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
114  11  1  A   4  G  A  19  .  ?        1  
115  11  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
116  11  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
117  11  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
118  11  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
119  11  1  A   9  G  A  24  .  ?        ?  
120  11  1  A  10  G  A  25  .  ?        ?  
121  11  1  A  11  A  A  26  .  ?        ?  
122  12  1  A   1  C  A  16  .  ?        ?  
123  12  1  A   2  C  A  17  .  ?        1  
124  12  1  A   3  A  A  18  .  ?        ?  
125  12  1  A   4  G  A  19  .  ?        ?  
126  12  1  A   5  A  A  20  .  ?        ?  
127  12  1  A   6  A  A  21  .  ?        ?  
128  12  1  A   7  A  A  22  .  ?        ?  
129  12  1  A   8  C  A  23  .  ?        ?  
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_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_errors_while_mapping    0
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_warnings_while_mapping  0
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_mapped_shifts           107
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_parsed_shifts           107
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.total_number_of_shifts            107
_pdbx_vrpt_chemical_shift_list.number_of_unparsed_shifts         0
#
loop_
_pdbx_vrpt_referencing_offset.ordinal
_pdbx_vrpt_referencing_offset.label_atom_id
_pdbx_vrpt_referencing_offset.uncertainty
_pdbx_vrpt_referencing_offset.precision
_pdbx_vrpt_referencing_offset.value
_pdbx_vrpt_referencing_offset.number_of_measurements
1  C   0.50  0.00  0.00  0  
2  CA  0.50  0.00  0.00  0  
3  CB  0.50  0.00  0.00  0  
4  N   0.50  0.00  0.00  0  
#
loop_
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.ordinal
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_assigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_unassigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.number_of_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.type
_pdbx_vrpt_assign_completeness_well_defined.element
 1  97  115  212  overall  Total  
 2  65   56  121  sugar    Total  
 3  32   59   91  base     Total  
 4  97   27  124  overall  H      
 5  65    1   66  sugar    H      
 6  32   26   58  base     H      
 7   0   74   74  overall  C      
 8   0   55   55  sugar    C      
 9   0   19   19  base     C      
10   0   14   14  overall  N      
11   0   14   14  base     N      
#
loop_
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.ordinal
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_assigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_unassigned_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.number_of_shifts
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.type
_pdbx_vrpt_assign_completeness_full_length.element
 1  97  115  212  overall  Total  
 2  65   56  121  sugar    Total  
 3  32   59   91  base     Total  
 4  97   27  124  overall  H      
 5  65    1   66  sugar    H      
 6  32   26   58  base     H      
 7   0   74   74  overall  C      
 8   0   55   55  sugar    C      
 9   0   19   19  base     C      
10   0   14   14  overall  N      
11   0   14   14  base     N      
#
loop_
_pdbx_vrpt_software.ordinal
_pdbx_vrpt_software.name
_pdbx_vrpt_software.version
_pdbx_vrpt_software.success_y_or_n
1  molprobity             "4-5-2 with Phenix2.0"                                              Y  
2  coreclust              unknown                                                             N  
3  chemicalshiftanalysis  2.49                                                                Y  
4  panav                  "Wang et al. (2010)"                                                Y  
5  rci                    "v_1n_11_5_13_A (Berjanski et al., 2005)"                           N  
6  percentiles            "20250101.v01 (using entries in the PDB archive January 1st 2025)"  N  
7  validation-pipeline    2.49                                                                Y  
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