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identifier ERS1247387
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076277
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076277
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:04Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E3C10.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E3C10
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.100167421
arcsine_hatching_success　 1.570796327
area　 Cortijo Bernabeles
assigned_from_geo　 true
backup　 false
bird_family　 Corvidae
bird_order　 Passeriformes
broken_eggs　 0
brood_size　 4
clutch_size　 4
code_id_statistica　 178
coll_date_juliane_days　 126
collection date　 5/7/07 0:00
collection_timestamp　 5/7/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 5/12/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 1162
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 2789044.16
enterococcus_density　 8255.929555
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 CHO 8.2
estefania_plates　 3C10
extracted DNA avail now　 true
feathers　 false
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 1
fledging_date　 6/3/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 5/10/07
hatching_success　 1
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Red-billed chough
host scientific name　 Passeriformes
host subject id　 Chova.Cho8.2
host taxid　 56790
latitude　 37.31399167
lay_date_juliane_days　 107
laying_date　 7/17/07
log_enterobacteriaceae_density　 6.445455546
log_enterococcus_density　 3.916818579
log_mesophiles_density　 6.891542467
log_rel_growth_enterobact　 -1.177088346
log_rel_growth_enterococcus　 0.286276523
log_rel_growth_mesophiles　 -2.56863618
log_rel_growth_staphylococcus　 -3.391473718
log_staphylococcus_density　 0
longitude　 -3.056652778
mesophiles_density　 7790088.862
nest_type　 hole
number_fledging　 4
number_sampled_eggs　 4
observer　 Juanma
physical_location_1　 U Granada
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 true
platero_plates　 P3C06
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 -0.933486216
rel_growth_enterococcus　 0.933198827
rel_growth_staphylococcus　 -0.999594
relative_growth_mesophiles　 -0.9973
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E3C10.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Chova.Cho8.2
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 2
sampling_code_id　 299
species name　 Pyrrhocorax phyrrhocorax
staphylococcus_density　 0
storing_days　 5
unhatched_eggs　 0
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1529951
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076277
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1600843
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:49:02Z
dateModified 2021-09-24T10:04:46Z
datePublished 2016-07-14T16:22:15Z