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identifier ERS1247536
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076426
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076426
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:08Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E4F02.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E4F02
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.100167421
arcsine_hatching_success　 1.570796327
area　 Cortijo Perro
assigned_from_geo　 true
backup　 false
bird_family　 Columbiadae
bird_order　 Columbiformes
broken_eggs　 0
brood_size　 2
clutch_size　 2
code_id_statistica　 445
coll_date_juliane_days　 133
collection date　 5/14/07 0:00
collection_timestamp　 5/14/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 5/22/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 1160
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 2.765887589E7
enterococcus_density　 1.032236452
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 PAL B4 913.2
estefania_plates　 4F02
extracted DNA avail now　 true
feathers　 false
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 1
fledging_date　 6/5/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 5/20/07
hatching_success　 1
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Rock pigeon
host scientific name　 Columbiformes
host subject id　 Palomabravia.PalPer13.2
host taxid　 8932
latitude　 37.32654722
lay_date_juliane_days　 119
laying_date　 7/29/07
log_enterobacteriaceae_density　 7.441834541
log_enterococcus_density　 0.307974237
log_mesophiles_density　 7.516947423
log_rel_growth_enterobact　 6.262295216
log_rel_growth_enterococcus　 -0.304247788
log_rel_growth_mesophiles　 1.750441248
log_rel_growth_staphylococcus　 -1.113791895
log_staphylococcus_density　 0.248874008
longitude　 -3.059219444
mesophiles_density　 3.288118113E7
nest_type　 hole
number_fledging　 2
number_sampled_eggs　 2
observer　 Juanma
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 false
platero_plates　 P3F06
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 1829342.307
rel_growth_enterococcus　 -0.50369093
rel_growth_staphylococcus　 -0.923050092
relative_growth_mesophiles　 55.29129607
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E4F02.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Palomabravia.PalPer13.2
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 2
sampling_code_id　 357
species name　 Columba livia
staphylococcus_density　 0.77367485
storing_days　 8
unhatched_eggs　 0
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1530100
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076426
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1600992
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:49:34Z
dateModified 2021-09-24T10:02:05Z
datePublished 2016-07-14T16:23:15Z