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identifier ERS1247563
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076453
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076453
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:09Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E4H04.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E4H04
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.089562407
arcsine_hatching_success　 1.570796327
area　 Rambla Zaraguil
assigned_from_geo　 true
backup　 false
bird_family　 Corvidae
bird_order　 Passeriformes
broken_eggs　 0
brood_size　 5
clutch_size　 5
code_id_statistica　 366
coll_date_juliane_days　 141
collection date　 5/22/07 0:00
collection_timestamp　 5/22/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 5/29/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 1089
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 1139124.865
enterococcus_density　 1.007910589
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 GRA 8.2
estefania_plates　 4H04
extracted DNA avail now　 true
feathers　 true
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 0.8
fledging_date　 6/16/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 5/25/07
hatching_success　 1
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Jackdaw
host scientific name　 Passeriformes
host subject id　 Grajilla.Gra8.2
host taxid　 30423
latitude　 37.31888611
lay_date_juliane_days　 120
laying_date　 7/30/07
log_enterobacteriaceae_density　 6.056571713
log_enterococcus_density　 0.30274437
log_mesophiles_density　 6.667586259
log_rel_growth_enterobact　 -0.199572214
log_rel_growth_enterococcus　 -4.364851132
log_rel_growth_mesophiles　 -0.51120098
log_rel_growth_staphylococcus　 -0.228805027
log_staphylococcus_density　 0.039385194
longitude　 -3.087372222
mesophiles_density　 4651426.531
nest_type　 hole
number_fledging　 4
number_sampled_eggs　 5
observer　 Juan
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 true
platero_plates　 P3G012
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 -0.368420848
rel_growth_enterococcus　 -0.999956833
rel_growth_staphylococcus　 -0.409533895
relative_growth_mesophiles　 -0.691823854
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E4H04.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Grajilla.Gra8.2
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 2
sampling_code_id　 454
species name　 Corvus monedula
staphylococcus_density　 0.094927072
storing_days　 7
unhatched_eggs　 0
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1530127
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076453
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1601019
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:49:39Z
dateModified 2021-09-24T10:02:12Z
datePublished 2016-07-14T16:23:15Z