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identifier ERS1247650
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076540
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076540
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:12Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E5G01.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E5G01
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.066716148
arcsine_hatching_success　 Missing: Not collected
area　 Cortijo Perro
assigned_from_geo　 true
backup　 true
bird_family　 Upuidae
bird_order　 Upupiformes
broken_eggs　 Missing: Not collected
brood_size　 Missing: Not collected
clutch_size　 9
code_id_statistica　 6
coll_date_juliane_days　 146
collection date　 5/27/07 0:00
collection_timestamp　 5/27/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 5/28/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 1160
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 7331622.433
enterococcus_density　 578812.2973
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 Caja 134 Abubilla
estefania_plates　 5G01
extracted DNA avail now　 true
feathers　 false
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 0.444444444
fledging_date　 6/19/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 6/2/07
hatching_success　 Missing: Not collected
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Eurasian hoopoe
host scientific name　 Upupiformes
host subject id　 Abubilla.134.1
host taxid　 57439
latitude　 37.32654722
lay_date_juliane_days　 129
laying_date　 8/8/07
log_enterobacteriaceae_density　 6.865200151
log_enterococcus_density　 5.7625385
log_mesophiles_density　 6.607635897
log_rel_growth_enterobact　 0.68773407
log_rel_growth_enterococcus　 -0.385691903
log_rel_growth_mesophiles　 -0.054701567
log_rel_growth_staphylococcus　 -0.750546838
log_staphylococcus_density　 0.750546838
longitude　 -3.059219444
mesophiles_density　 4051686.081
nest_type　 hole
number_fledging　 4
number_sampled_eggs　 6
observer　 Manolo
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 false
platero_plates　 P4F02
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 3.872300549
rel_growth_enterococcus　 -0.588558498
rel_growth_staphylococcus　 -0.822395828
relative_growth_mesophiles　 -0.11834549
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E5G01.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Abubilla.134.1
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 1
sampling_code_id　 383
species name　 Upupa epops
staphylococcus_density　 4.630498379
storing_days　 1
unhatched_eggs　 Missing: Not provided
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1530214
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076540
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1601106
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:49:58Z
dateModified 2021-09-24T10:02:37Z
datePublished 2016-07-14T16:23:15Z