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identifier ERS1247712
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076602
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076602
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:14Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E6D07.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E6D07
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.100167421
arcsine_hatching_success　 1.570796327
area　 Cortijo Perro
assigned_from_geo　 true
backup　 true
bird_family　 Upuidae
bird_order　 Upupiformes
broken_eggs　 0
brood_size　 9
clutch_size　 9
code_id_statistica　 50
coll_date_juliane_days　 166
collection date　 6/16/07 0:00
collection_timestamp　 6/16/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 6/28/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 1160
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 255740.8265
enterococcus_density　 7886.342149
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 Caja 5 A
estefania_plates　 6D06
extracted DNA avail now　 true
feathers　 false
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 1
fledging_date　 7/6/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 6/16/07
hatching_success　 1
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Eurasian hoopoe
host scientific name　 Upupiformes
host subject id　 Abubilla.A.2
host taxid　 57439
latitude　 37.32654722
lay_date_juliane_days　 142
laying_date　 8/21/07
log_enterobacteriaceae_density　 5.407801763
log_enterococcus_density　 3.896930681
log_mesophiles_density　 6.00986048
log_rel_growth_enterobact　 -0.434482564
log_rel_growth_enterococcus　 -0.807833729
log_rel_growth_mesophiles　 0.234522839
log_rel_growth_staphylococcus　 1.219545812
log_staphylococcus_density　 1.448838097
longitude　 -3.059219444
mesophiles_density　 1022963.306
nest_type　 hole
number_fledging　 7
number_sampled_eggs　 7
observer　 Manolo
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 false
platero_plates　 P6B02
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 -0.632279844
rel_growth_enterococcus　 -0.844343855
rel_growth_staphylococcus　 15.5785221
relative_growth_mesophiles　 0.716021951
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E6D07.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Abubilla.A.2
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 2
sampling_code_id　 605
species name　 Upupa epops
staphylococcus_density　 27.10852761
storing_days　 12
unhatched_eggs　 0
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1530276
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076602
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1601168
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:50:12Z
dateModified 2021-09-24T10:02:51Z
datePublished 2016-07-14T16:24:12Z