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identifier ERS1247718
type sra-sample
sameAs
biosample　 SAMEA4076608
organism bird metagenome
attributes
ENA first public　 2016-07-13
ENA last update　 2016-07-13
External Id　 SAMEA4076608
INSDC center alias　 UCSDMI
INSDC center name　 University of California San Diego Microbiome Initiative
INSDC first public　 2016-07-13T17:01:27Z
INSDC last update　 2016-07-13T01:15:14Z
INSDC status　 public
Submitter Id　 qiita_sid_1632:1632.E6E02.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
abandoned　 No
altitude　 0
anonymized name　 E6E02
arcsine_fledge_success_brood　 0.100167421
arcsine_fledge_success_clutch　 0.066716148
arcsine_hatching_success　 1.209429203
area　 Benalua
assigned_from_geo　 true
backup　 true
bird_family　 Upuidae
bird_order　 Upupiformes
broken_eggs　 0
brood_size　 7
clutch_size　 8
code_id_statistica　 51
coll_date_juliane_days　 149
collection date　 5/30/07 0:00
collection_timestamp　 5/30/07
common name　 organismal metagenome
country　 GAZ:Spain
country_nation　 Spain
country_region　 Hoya de Guadix
culturing_date　 6/14/07
depth　 0
dna_extracted　 true
elevation　 907
empo_0　 EMP sample
empo_1　 Host-associated
empo_2　 Animal
empo_3　 Animal surface
enterobacteriaceae_density　 3229980.525
enterococcus_density　 1.570438807E7
env biome　 mediterranean shrubland biome
env feature　 nest of bird
env matter　 egg
env package　 host-associated
eppendorf_name　 Caja 20
estefania_plates　 60
extracted DNA avail now　 true
feathers　 false
fledge_success_brood　 1
fledge_success_clutch　 0.444444444
fledging_date　 6/21/07
geo loc name　 Spain:Hoya de Guadix
hatching_date　 6/4/07
hatching_success　 0.875
hatching_synchrony　 asyn
host common name　 Eurasian hoopoe
host scientific name　 Upupiformes
host subject id　 Abubilla.C.20.1
host taxid　 57439
latitude　 37.32783056
lay_date_juliane_days　 131
laying_date　 8/10/07
log_enterobacteriaceae_density　 6.509200038
log_enterococcus_density　 7.196021046
log_mesophiles_density　 7.1223489
log_rel_growth_enterobact　 0.004963418
log_rel_growth_enterococcus　 -2.325298702
log_rel_growth_mesophiles　 -0.158216521
log_rel_growth_staphylococcus　 0.115153348
log_staphylococcus_density　 0.087340256
longitude　 -3.138858333
mesophiles_density　 1.325405802E7
nest_type　 hole
number_fledging　 4
number_sampled_eggs　 6
observer　 Manolo
physical_specimen_location　 CCME
physical_specimen_remaining　 true
plants　 false
platero_plates　 P5F02
predated　 No
public　 true
rel_growth_enterobacteriaceae　 0.011494249
rel_growth_enterococcus　 -0.995271741
rel_growth_staphylococcus　 0.303627004
relative_growth_mesophiles　 -0.305322106
required_sample_info_status　 completed
sample name　 qiita_sid_1632:1632.E6E02.Knight16sV4.JuannaBirdEMP.NoIndex.L005.R1.001.sequences
sample type　 bird egg shell
sample_nest　 Abubilla.C.20.1
sample_progress　 sequenced (16S)
sampling time　 1
sampling_code_id　 508
species name　 Upupa epops
staphylococcus_density　 0.222757278
storing_days　 15
unhatched_eggs　 1
year　 2007
properties　▽ 
{...}
dbXrefs
bioproject　 PRJEB14786
sra-run　 ERR1530282
sra-submission　 ERA674159
biosample　 SAMEA4076608
sra-study　 ERP016455
sra-experiment　 ERX1601174
distribution JSONJSON-LD
Download
ERA674159.sample.xml　 HTTPS FTP
status public
visibility unrestricted-access
dateCreated 2016-07-14T15:50:14Z
dateModified 2021-09-24T10:02:53Z
datePublished 2016-07-14T16:24:12Z